Salina, insieme a Lipari, sono state le sole due isole ad essere abitate stabilmente fin dalla preistoria negli ultimi secoli del V millennio quando dalla Sicilia arrivarono gruppi umani neolitici appartenenti alla cultura di Stentinello che scelsero le isole per poter sfruttare l’ossidiana, che divenne un importante prodotto di scambio con altre materie prime.
L’insediamento abitativo più antico si trova a Rinella (Leni) nella località di Rinicedda e una traccia di frequentazione del IV millennio è stata trovata a Serro Brigadiere (Santa Marina) e sul monte Fossa delle Felci.
Durante l’Età del Bronzo Medio (II millennio a.C.) l’isola viene abitata dalle genti della cultura di Thapsos – Milazzese, che costruiscono i loro villaggi formando quattro insediamenti sul territorio. In questo periodo le isole giocano un ruolo importante di controllo strategico del mare e di difesa sulle rotte di navigazione nel mar Mediterraneo che dall’Oriente entravano nel mar Tirreno.
Nel XIII secolo, con l’arrivo degli Ausoni vi è l’abbandono dei villaggi in tutte le isole minori, eccetto Lipari. Dagli inizi del IV secolo a.C. sarà stabilmente abitata, con il principale insediamento a Santa Marina Salina dove è l’attuale cittadina.
Gli abitati in età romana sorgevano sicuramente a Valdichiesa, il cui territorio fertile consentiva di mantenere attiva la pratica dell’agricoltura.
In età romana era attivo il commercio del sale, grazie alla presenza delle Saline di Lingua sfruttate sin dall’età greca. Al commercio del sale era connessa l’attività della salagione del pesce nella fabbrica scoperta in contrada Barone, e sorta su un complesso termale di età imperiale.
In età bizantina ed altomedievale l’isola continua ad essere abitata, come testimonia la ceramica raccolta e databile dal V al VII secolo d.C. e dal VI al XIII d.C.
Durante il Medioevo, dall’839 al 1085, l’isola subì le scorrerie arabe, dopo che la situazione sembrava stabilizzata dai provvedimenti normanni, affinché venisse ripopolata l’isola dalle genti provenienti da diverse zone del basso Tirreno, la morte di Federico II avvenuta a metà del XIII° secolo fece scoppiare un tumulto che oltre al regno di Sicilia infestò i relativi mari circostanti.
Pisani, Genovesi e poi nuovamente musulmani cinsero d’assedio le Isole Eolie, facendo sì che Salina si spopolasse per l’ennesima volta.
Spopolamento che non fu però totale, grazie alla valle di Lenòi che ospitò molti abitanti. Così poté riprendere la vita di Salina, con costruzioni di chiese che stavano a dimostrare il relativo benessere economico delle borgate. L’attività mercantile raggiunse delle dimensioni tali che gli abitanti di Salina riuscirono a diventare imprenditori di loro stessi.
Ciò che guadagnavano mercanteggiando con le coste campane e ioniche lo reinvestirono nell’agricoltura locale, fino a raggiungere uno status tale da volersi finalmente affrancare dal dominio coloniale di Lipari.
Ci riuscirono il 7 febbraio 1867. Il sogno era divenuto realtà. Salina si era finalmente affrancata e S. Marina Salina era la sede del nuovo Comune unico.
Purtroppo, però nel 1889 la filossera distrusse molti vitigni, costringendo parecchi isolani ad emigrare e modificando drasticamente l’economia isolana.
Nel 1909 si arrivò infine alla nascita dei Comuni di Leni, Malfa e S. Marina Salina che sono anche i tre maggiori centri abitati, sorti secondo due direttrici di sviluppo: Malfa e Leni per il rapporto con la terra e Santa Marina per quello con il mare e i commerci.